目录
（上篇）
梦的开端：浪士组上洛
（一）试卫馆
（二）初到京都
厉兵秣马：新选组成立
名震天下：京都立战功
（一）池田屋事件
（二）禁门之变
风起云涌：新选组重组
（一）切腹判决
（二）集中体检
风暴前夜：新选组内乱
（一）三条制札事件
（二）御陵卫士脱队
（三）肃清高台寺党
（下篇）
戊辰战火：新选组覆亡
（一）旧幕府军举兵
（二）鸟羽伏见之战
（三）甲州胜沼之战
（四）宇都宫城之战
北上抗战：孤独的征途
（一）东北战争
（二）平定虾夷
（三）官军上陆
（四）决战箱馆
明治以后：队士的晚年
落日余晖：后世的争议
（一）是封建统治的卫道者吗？
（二）是最后的武士们吗？
（三）是军国主义的化身吗？
（四）家禛大御所的十字总评
19世纪下半叶，正值日本的动荡时期。1853年黑船来航，正式开启了江户幕府的最后时期——幕末。进入六十年代，1860年发生了“樱田门外之变”、1861年发生了“俄罗斯军舰占领对马岛事件”、1862年又发生了“坂下门外之变”，使政治局势变化莫测。朝野的“锁国”、“攘夷”呼声高涨，主张开国开港的幕府备受苛责；千百年来疏远政事的朝廷也被雄藩高高捧起成为对抗幕府的旗帜，使政治局势愈发混乱；内忧外患交织，江户的统治岌岌可危。我们本期的主角新选组（日语：新選組，有时也作“新撰組”），就在这样的环境下登上了历史的舞台。
我在大概2014年的时候初次接触了“新选组”，那时通过番剧《薄樱鬼》、小说《壬生义士传》和电视剧《新选组血风录》留下来一个感性的印象，这三部作品可谓是我的新选组入坑三部曲，也是幕末史启蒙作品。后来逐渐走上了理性考据的道路，爱上了历史也爱上了幕末。如今我已在幕末史上踏出了一个又一个脚印，是时候该驻足回望起步的地方了，故秉持感谢与恭敬的态度，特作此文。作者：德川家禛。
（如无特殊说明，本文中用汉语标注的月份为旧历，阿拉伯数字标注的月份为公历）
梦的开端：浪士组上洛
（一）试卫馆
1834年11月5日（天保五年），宫川胜五郎出生于武藏国多摩郡上石原村（位于今东京调布市），14岁时（1848年），胜五郎前往当地一家天然理心流道场试卫馆学习剑术。由于他体格健壮、性格开朗、沉稳朴实而受到大家的认可，又练就精湛的剑术经常参加附近的比武，还在宫川家遇窃时挺身而出杀退盗贼，有勇有谋的胜五郎让道场主近藤周助甚是喜爱，将其收为养子。出身庶民家庭的胜五郎得以使身份升入武士行列，令旁人羡艳。然而大家更不会知道的是，这一介百姓之子未来会成为声名显赫的幕臣，并为创立闻名后世的新选组立下不世之功，还会把试卫馆与天然理心流的名声传遍天下。胜五郎后来将会改成一个更为人熟悉的名字，那就是“近藤勇”，响当当的新选组局长。
近藤勇在成长与修习期间，结识了武藏国多摩郡同乡，隔壁石田村卖药郎土方岁三，并邀请他进入道场学习。正式入门天然理心流。幕末史上让人津津乐道的挚友搭档就此义结金兰。
在近藤周助的道场里，有来自八王子同心家庭的沉稳大哥井上源三郎，是近藤的师兄；还有一名内弟子也颇为有名，是大约在1851年9岁左右，寄居到道场学习的少年剑士冲田总司。他天赋异禀，年纪轻轻就成为了道场的塾头指导剑术，是近藤勇的师弟兼弟子（因为后来近藤勇继承了试卫馆）。
由于近藤勇素来大方义气，颇具豪侠气概，所以尽管他经营的道场本来在江户很不入流，却因个人魅力收服了许多高手。其中有陆奥国仙台藩的北辰一刀流剑客山南敬助、脱藩于播磨国明石藩御家人家庭的剑士斋藤一、原籍虾夷地松前藩神道无念流剑客永仓新八、伊予国松山藩枪术高手原田左之助、出身武藏国旗本家族的藤堂平助等等。有的来做食客，有的来当弟子，有的来馆比试后发自内心的折服，还有的近邻登门拜访一来二去就成了朋友，总之众人其乐融融，畅谈国事。
尤其是1853年黑船来航后日本的社会发生了剧烈的变化，幕府因是否签订开国通商条约而苦恼不已、朝廷中的公卿被坚船利炮吓破了胆、各地的藩国开始谋求的救国之道、民间因外国商品的冲击导致物价上涨。一切问题的源头似乎都是可恶的外国人，于是排斥外国人，恢复锁国时代的“攘夷论”应运而生，在日本社会上上下下迅速传播。试卫馆的众人也对趾高气昂的外国人心生激愤，想要攘夷，只恨不能在国难当头之际不能为国家效力。不曾想，出山的机会很快就到来了。
时间来到文久二年（1862年），和宫降嫁后的江户幕府并没有如期实现公武合体，反倒向朝廷让步了更多。这时在萨摩藩的鼓动下，朝廷向幕府下旨要求第十四代幕府将军德川家茂上洛觐见天皇，讨论国事。将军上洛绝非小事，何况这是距上次将军上洛时隔229年的行动，为了保证将军的安全并彰显幕府的威严，接受了庄内藩乡士清河八郎的献策，在将军德川家茂上京之际，以护卫将军的名义招募浪士。清河八郎的提议是“不论出身，广纳精忠报国之士。”然而也宣布了加入浪士组可以赦免以往的罪行，使得一些怀有二心的人也混入其中。
招募志士的消息传得很快很广，热衷于攘夷论的永仓新八听说后询问了试卫馆的近藤、土方、山南的意见。这既是一次难得的出人头地的机会，又符合了青壮年报国的志向，无疑对于出身底层的近藤、土方等希望成为真正武士的人有着极大的吸引。最终大家普遍同意参加募集，于是试卫馆的众人就应征报名，和其他人共计234名浪人在护卫将军和攘夷的旗号下集中了起来。作者：德川家禛。
幕府表示了对召集天下精忠报国志士的肯定，按人头给队士分发了黄金。同时也进行了监管，由松平上总介忠敏、鹈殿鸠翁、洼田镇胜、山冈铁太郎、松冈万、中条金之助、佐佐木只三郎等人担任御目付、浪士取缔役等职务负责领导并监督浪士组。
（二）初到京都
第二年，文久三年二月（1863年），聚集在一起的二百多名浪士在将军上洛之前整编为“浪士组”，沿着中山道西进。队伍行至本庄宿的时候来了一段不和谐的小插曲：由于宿场怠慢了一名队士，这名背负三条人命的水户浪人便再度开始不法行为——纵火，挑衅地称天冷要点篝火取暖。一时间火光冲天，令众人惊骇不已。这人便是芹泽鸭，这是他第一次在众人前展现他蛮横又无赖的气概，店主敢怒不敢言。二月二十三日，浪士组总算平安无事地到达了京都。
然而幕府官员尚未看穿清河八郎的真正身份是在逃的攘夷派，他的目的并不是护卫将军，而是成为尊王攘夷的先锋。所以当浪士组到达京都后，清河马上与尊攘派联系，向朝廷提出了尊王倒幕的建白书。然而不久被发觉，并汇报给了负责管理浪士组的幕府老中板仓胜静。
此时受到生麦事件刺激的尊攘派有了新的目标，于是清河八郎又提议浪士队返回江户，随后封锁横滨港，在那里实施攘夷。但芹泽、近藤拒绝了，还把这个消息告知了监管人鹈殿鸠翁，最终会津藩主松平容保下达了肃清清河八郎的指示。起初浪士组决定内部解决，刺杀清河，但遭到失败。于是清河八郎毫发无伤地离开京都返回了江户，准备继续他的尊攘大业。
企图将浪士组纳入朝廷麾下的计划被察觉后，负责监管的浪士取缔役等人为了阻止清河的企图，也要求浪士组返回江户等待新的指示。而一想到来都来了，总得弄出点名堂，近藤土方等试卫馆派8人和芹泽鸭新见锦等水户派5人一拍即合，决定结成新的队伍留在京都保护将军，还有殿内义雄等4人则受到指示下留了下来。最终在鹈殿鸠翁的命令下浪士组分为两拨，一波在京都的壬生村组成了新选组的前身“壬生浪士组”，另一波返回江户待命。
说句题外话：回到江户的一部分成员则结成了新选组的姊妹组织——“新征组（新徴組）”，队士中有冲田总司的义兄冲田林太郎、侄子冲田芳次郎；还有作为幕末女剑士的中泽琴也十分出名。后来新选组归会津藩管理，新征组隶属于庄内藩，分别为幕府守卫京都与江户。而这二藩也将会在未来戊辰战争中结成著名的“会庄同盟”，说起来也非常有意思。不过新征组就是另外一个故事了，以后我再单独开一篇文章讲述。让我们把视野再转回新选组来：
浪士组以壬生村的八木源之丞宅邸和前川庄治宅邸以及周边的屋舍作为屯所，三月十日在幕臣的命令下他们向会津藩提交了请愿书，于是收归时任京都守护职的会津藩主松平容保麾下，负责辅助会津藩缉捕不逞浪士和市内警备。这时斋藤一也从江户而来并决定加入浪士组，令试卫馆的众人十分欣喜。二十五日发生了浪士组有记录以来的第一次内部肃清，殿内义雄被杀，接近他的那一派也随之消散。这时壬生浪士组就由芹泽派和近藤派共同掌管，芹泽鸭、近藤勇、新见锦成为局长。其中芹泽作为“笔头局长”也就是大局长，统管两派。土方岁三、山南敬助则担任副长。在初次队士招募后，大约有了36人的规模，初具雏形。还制定了队规，用以规范浪人出身的队士们的行为，形成了著名的《局中法度》，包括五条内容：
一、不得违背士道
一、不得擅自脱队
一、不得擅自借款
一、不得擅自诉讼
一、不得擅自私斗
违背以上任意一条，切腹。
四月初，天气渐热，而由于会津藩拨款不足，浪士组又缺乏钱财，以至于连夏装都没法更换。于是芹泽带队恐吓了大坂的两替商（金钱兑换所）鸿池善右卫门等人，用得到资金准备了队服、队旗。为了在京都闯出名声，芹泽要求服装店仿照赤穗浪士的样式缝制显眼的着装：浅葱色的羽织搭配袖口的倒山形图案，这件著名的队服就这样制作了出来。外披羽织内穿单衣下身着袴，新选组开始以统一耀眼的服装上街巡逻，成为当时京都一道亮丽的风景。
作者：德川家禛。不过好在会津藩得知了浪士组的行为，很快下发了二百两资金，于是芹泽又如数奉还了“借款”。有借有还使商人们对浪士们的态度有所改观，而队士们自然也更加注重形象了。
四月十三日，传来了最初的发起人清河八郎被佐佐木只三郎斩杀的消息，对于之前刺杀失手的众人来说，也算是任务结束，多少松了口气，也更有信心在京都执行任务。然而芹泽却总是与众不同，他愈加为所欲为，常依着心情行事。其对不逞浪士的暴力执法、枭首示众使民众人心惶惶，引得小藩水口藩的公用人向会津藩举报。而芹泽闻之，不仅不收敛，反而威胁了水口藩公用人。最后该事件以水口藩士赔礼道歉收场，而芹泽又在致歉的宴会上撒泼大闹……
六月，芹泽近藤等10人为了取缔不逞浪士再度来到大坂。途中，由于擦肩而过的力士（相扑手）没有让路，芹泽怒而动武。愤怒的力士们听闻同伴受欺负，并以为芹泽等人是一般浪人，故手持棍棒跑来围攻浪士组，一场乱斗后造成了力士方面数十人死伤。由于奉行所（江户时代幕府下设的治安机构）畏惧京都守护职而判定力士方有过。以力士方向壬生浪士组赔偿50两道歉而告终。这就是壬生浪士组时期著名的“大阪力士乱斗事件”。据说后来力士们又与浪士组和解，一起喝了酒，还为浪士组举办了观赏赛，然而...
在京都举行相扑比赛大会的同时，八月十三日，30名队士在芹泽鸭的带领下，以京都的一家名为大和屋的商店私通外敌为名向其索要资金，遭到拒绝后竟抬出大炮，轰击店面，并造成了火灾。面对熊熊大火，芹泽还威胁火消（消防员），不许他们灭火，直到大火自然熄灭。京都的居民大为恐慌，愈加厌恶“壬生狼”。会津藩主松平容保也闻讯大怒，下令将新选组局长等人叫出来痛斥。心想在我会津藩京都守护之名下，本叫你们保卫京都，怎么把事情搞成这样？会津藩士也越来越厌恶浪士组粗暴的作风，尤其是各种事件的始作俑者芹泽鸭。而近藤勇原本希望依靠相扑大赛拉近浪士组和京都民众的关系，谁料又发生了这档事，使浪士组名声更加恶劣，自然怒火中烧。不过，在对付芹泽之前，一件更要紧的大事发生了。
厉兵秣马：新选组成立
黑船来航后西方各国纷来沓至，由于幕府面对列强的威胁主张开国，并与外国签订了条约，被认为是“违背祖制、玷污皇国”，一些主张攘夷论的雄藩蠢蠢欲动，朝廷中的众多公卿也激烈反对。然而公卿并没有与幕府对抗的武力。于是文久三年来，同样持有攘夷论观念的长州藩趁虚而入，成为了公卿的武力后盾，而一些公卿也甘为长州藩摇旗呐喊，于是长州藩渐渐把控了朝政，以孝明天皇的名义要求幕府毁约、攘夷，发号施令，让天子极为不快；甚至试图武力控制朝廷，借口保护皇宫为名，由藩士益田亲施率兵向京都进军千余人，将京都作为攘夷的大本营，天皇事实上被软禁。更过分的是，长州藩还唆使朝廷公布了伪造的“大和行幸诏书”，想要使天皇外出巡游神社而离开皇宫，再纵火焚毁京都，以京都不宜居住为由挟持天皇，实现对天皇的彻底把控。盘算着如能控制了天皇，大义名分在握，那么幕府若反对攘夷，则可以武力相逼。孝明天皇虽然也是攘夷论者，最初曾支持长州藩的政策，如今自己变成了棋子，遂越来越厌恶激进的长州藩和假借他名的公卿，并明确反对向外国开战和武力逼迫幕府。
阳奉阴违的长州藩终于招致了天子之怒：孝明天皇在八月十三日借口身体不适，拒绝了大和行幸，推迟前往神武天皇陵祭拜的时间。并悄悄向京都守护职松平容保发出政变的密敕，于是会津、萨摩藩在十七日夜间秘密行军迅速占领了皇宫。等到十八日清晨长州藩和尊攘派公卿才察觉失势，但为时已晚。公武合体派一举将尊王攘夷派的长州藩及公卿驱逐，是为“八月十八日政变”。
这次政变中，壬生浪士组也受到了会津藩的征召而出动了。芹沢召集了80名队士举着赤色白字的“誠”之旗。抵达蛤御门时，据说由于守卫宫门的会津藩兵并不认识浪士组的众人，从而拒绝放行，端起长枪要他们报上名来。据说当时近藤，新见被身披甲胄手执尖枪的藩兵震慑住了，而芹泽用铁扇拨开尖枪，厉声呵斥：“在下各位是会津候旗下新撰组壬生浪士组，奉命守卫宫门。胆敢无礼擅自阻拦必将后悔。”藩兵在芹泽鸭的呵斥下退让了，好在这时会津藩公用人野村左兵卫闻讯赶来说明了情况，浪士组得以顺利进入皇宫。而芹泽鸭的过人胆识也就渐渐在京都传开了。
很快，长州藩见大势已去，只得引兵自退，所以并没有发生交战，众人就这样顺利的完成了护卫工作。“八月十八日政变”的风波结束后，众人迎来了一个令人欣喜若狂的好消息：由于朝廷和会津藩一致认可了浪士组，赞扬其警卫工作，得到了松平容保的赐名“新選組”，有时也写作“新撰組”。大家已经摆脱了一般浪人的身份，成为了正式在编的组织了，向着真正的武士迈进了一大步；而且还领到了按人数每月发放的俸禄，衣食无忧，不需要再像以前依靠敲诈商人来获取主要收入，可以光明磊落的护卫将军、维持京坂地区的治安了。
不过，虽然新选组明面上风光了起来，但隐藏在暗地里的问题也越来越严重了。首先是作为新选组门面的局长芹泽鸭仍然经常出入京都的花街柳巷寻欢作乐、还在岛原的酒楼里大打大闹，又强夺平民的妻妾，使全组的名声受损；二来朝廷、幕府、会津藩都指望新选组能取缔京都的不逞浪士，解决治安乱象，而芹泽鸭常常敲诈商人，脾气上来时还会当街对无辜群众施暴，反倒加剧了治安问题，令作为京都守护的会津藩既难看又难办；而且新见锦、平间重助、平山五郎等水户一派见局长芹泽鸭志得意满，也开始有意无意的排挤试卫馆的众人，作威作福，在芹泽的威压下近藤等人还不好反抗，地位愈加尴尬。
而八月十八日政变之后，外患已除时机成熟，结合前文提到的“炮击大和屋事件”，大怒的松平容保最终向近藤土方山南等试卫馆一派传达了“解决问题”的密令，近藤心领神会，开始暗中筹划对水户一派的肃清。既然有会津藩的授意，也就给了试卫馆派夺回主导权的机会。
九月十五日，近藤一派将新见锦逼至祇园的名叫山绪的店铺内，细数他的恶行，逼其切腹；九月十六日晚，芹泽鸭、平间重助、平山五郎等在宴会上酣饮后回屋睡下，土方岁三、冲田总司、山南敬助等人暗杀了熟睡的平山五郎；芹泽鸭惊醒后试图还手，最终在一番搏斗之下也被斩杀；平间重助的房间离芹泽较远，发现事态不对后立即逃离，从此不知去向。到这时水户一派气数已尽，近藤勇成为了新选组唯一的局长；同为芹泽部下的野口健司则在十二月也切腹了，从此新选组内的水户一派彻底覆灭。就这样，新选组的职位变成了我们熟悉的样子——近藤勇为局长，土方岁三为副长，山南敬助为总长。
芹泽鸭的水户一派在使新选组背负上巨大的恶名的同时，另一方面也闯出了“精忠报国志士”的威名、确定了新选组日后的工作范围、搭建了管理制度、完成了护卫皇宫的主线任务、基本解决了资金问题，功过并存，应该以客观的眼光分析、正确的态度对待。此时可以说他们的使命已经尽到，又以很具有新选组特色的方式退场了。接下来就由试卫馆派来接过带领浪士们的使命，开启新选组的新时代。
名震天下：京都立战功
（一）池田屋事件
进入元治元年（1864年），前一年因八月十八日政变而失势的尊攘派企图挽回势力，又开始秘密聚集于京都。这一次的“尊攘志士”出身更为广泛，不仅有来自长州藩的，还有来自萨摩、土佐等各藩的藩士和脱藩浪人。他们潜伏在京都，暗中谋划活动，伺机破坏，如同黑夜中的鬼怪。对于异见者也就是开国派、幕府侧人士，展开了血腥的“天诛”活动，即不分青红皂白的暗杀，有时还会伤及无辜。这样的事件始于安政七年（1860年），如今已有四个年头，却不见止息，甚至还有变本加厉之势。令京都笼罩在恐怖的氛围下，人心惶惶。
这里值得一提的是，为了加强京都的治安，四月二十六日浅尾藩主莳田广孝、旗本松平康正就任京都见回役，受京都守护职的管理，组建了“京都见回组”。见回组也从事取缔不逞浪士、维护京都治安的活动。不过成立该组的考量之一还有作为幕府的代表管理京都，与浪人出身的新选组竞争，打造幕府在京都市民心中的高大形象。所以他们的出身更高，队士多为旗本子弟和御家人。主要管辖御所和二条城周边的重要街道，而新选组管辖祇园和三条等町人街、娱乐街。所以见回组很少与新选组合作，有时还会有一些摩擦、冲突。
五月下旬左右，新选组诸士调役兼监察的山崎丞、岛田魁等人发现了在四条小桥上真町经营炭薪生意的枡屋喜右卫门举止异常，遂向会津藩报告。通过搜查，发现了枪支弹药和与长州藩来往的书信等，坐实了私通尊攘派、参与破坏活动的罪名。在元治元年六月五日（1864年7月8日）早晨，新选组逮捕了枡屋喜右卫门。他一心求死，最初拒绝向近藤勇招供，于是见识了土方岁三严酷的拷问。在倒吊毒打、铁钉穿脚、蜡油滴烫之下最终吐露真言。枡屋本名为古高俊太郎，很早就与宫部鼎藏等尊攘派暗中交流，出入各大名和公家的宅邸，进行情报活动和武器筹措。新选组从拷问中还得知了一个惊人的消息：“尊攘派将于祇园祭前的大风天伺机在皇宫里纵火，通过趁乱将偏向幕府的中川宫朝彦亲王幽禁，暗杀将军后见职一桥庆喜、京都守护职松平容保以及佐幕派大名，给幕府致命一击。并挟持孝明天皇移驾到长州，准备重新上演前一年失败的挟天子以令诸侯大计。”
祇园祭举办在即，京都人来人往，新选组认为尊攘派的浪士们会以此为掩护暗下聚会碰头，若是尊攘派得知了古高被捕的消息就难办了，需要尽快搜捕，一网打尽。于是近藤在向会津藩报告后，命队士们披上羽织整装待发，准备彻查市中。当日傍晚，没能等到会津藩出动的指示，也不管有没有藩里派出的援军，新选组开始单独搜索三条到四条街道。
新选组分为了三个队伍，由近藤勇、土方岁三、松原忠司带队外出搜查浪人们可能聚集的场所。22点左右，近藤队率先在池田屋附近发现了铁炮等武器，确认了这里就是来自各藩的尊攘派志士的密会场所。尊攘浪人们得知古高被捕的消息后，错误的相信了他不会把情报透露出去，于是反而聚集在酒屋里商讨下一步的对策，不得不说是给了新选组大显身手的机会。
尽管众人并不清楚池田屋内有多少尊攘浪人，支援也不知何时才能到来，近藤勇、冲田总司、永仓新八、藤堂平助4人还是以赌上性命与荣誉的决心毅然率先闯入，敲门并声明了官府搜查。谁知池田屋主人入江惣兵卫见状大呼小叫为浪人们示警，浪人们随即拿起了武器并熄灭灯。近藤勇打晕惣兵卫后走上二楼，在对方拒捕并拔刀相向后，随即开始了战斗。新选组一方只有4人与室内人多势众的一大群尊攘浪人展开了激烈厮杀，其他人则把守屋外防止敌人出逃，并呼叫支援。受到袭击的浪人们一边应战，一边尝试逃离酒屋。
这些尊攘浪人也并非等闲之辈。且不说幕末时代武家男子人均练武、习剑，其中还不乏出身名门道场的剑客，有柳生新阴流的吉田稔麿、一刀流的河田佐久马等等。而新选组既不熟悉环境，又是以少对多，自然陷入一番恶战。冲田在战斗中倒下，最著名的解释是“肺痨说”，认为他的肺痨在此时发作了，并描述了咳血场景（不过我个人更偏向“中暑说”或者“过劳说”）。另外，在一楼战斗的藤堂额头不慎被砍伤，血液流入眼睛模糊了视线，只得脱离了战斗。一度只有近藤和永仓奋战，但也砍倒了不少敌人。尊攘派被新选组的拼死决心吓破了胆，没志气像国重正文等的看见同僚纷纷倒下而转身逃跑，有骨气的如宫部鼎藏则为了防止被新选组缉拿而挥刀自尽。等到土方队的支援到来，人手充足了，新选组便把作战目标从斩杀变为抓捕。最终，取得了当场斩获九人，擒拿四人的战绩，并造成了许多浪人重伤，逃出池田屋不久后也因伤势而死。酒屋中则除了血迹，还留下来满地被砍下的断肢、头皮。
在这场战斗中有数名尊攘派从屋中逃走，有的藏匿起来，有的跑到各藩藩邸寻求庇护，极不利于人员不多的新选组展开抓捕行动，本以为能躲过一劫。但不久后会津、桑名的援军赶到，新选组与之联手，再度展开战斗，在接下来的在凌晨的搜捕中，又逮捕了二十多名敌人。最终在池田屋事件中有30多名尊攘浪人被捕或战死，而那个包庇尊攘派，还通风报信的池田屋主人入江惣兵卫，也理所当然的逮捕了起来。另一方，新选组战死1人重伤2人，会津藩5人、彦根藩4人、桑名藩2人战死，另有负伤十余名。原本桂小五郎也打算出席这场会议，但在会议进行时没有准时到场，从而躲过一劫；也有观点认为小五郎在池田屋中，见势不妙从屋顶逃跑，最终逃出生天。但不论如何，“逃跑的小五郎”之名就流传了下来。作者：德川家禛。
天亮时，新选组凯旋而归，而此时沿途挤满了看热闹的人，在众人的目光中，队士们穿着被鲜血染红的衣服、抬着负伤的队士回到了屯所。这满身血迹是无上的荣耀，抵得过千言万语的夸耀。从此，新选组的威名响彻云际，再也没有尊攘派敢小瞧这伙江户来的“草根浪士组”，市民也不再怀疑新选组的能力了。而且新选组成功的挫败了尊攘派意图焚毁京都、劫持天皇的计划，保护了这座千年古都，众人终于可以光明正大的以京都的守护者自居了。朝廷与会津藩也褒奖了新选组，下赐五百两金以资鼓励。据说此行动是新选组最后一次穿浅葱色羽织，后来就换上了黑色的队服。
池田屋中聚会的尊攘浪人，哪个不是武家男儿，哪个不是修习武道出身？却被新选组以少胜多，且压倒性的斩杀。原本被京都、江户的剑术名流们嘲笑试卫馆的众人是“不入流乡下剑术”、“乡巴佬”，现在这些声音瞬间消失，挑衅新选组的浪人也少了许多。从此新选组向世人证明了高手不问出处。嘴上说的再花，不如经过实战检验出的真本事。
池田屋事件后，根据浪人们的招供，他们仍有相当之多潜伏在京都的同党还逍遥法外，于是会津藩展开了对以长州为首的尊攘派的大缉捕行动：对长州口音的人特别盘查，对行踪诡异的人逮捕审讯。以至于抓到的人太多，监狱都满房了，不得不对一些有罪证的浪人先斩为快。
在这场搜捕行动中也造成了一起悲剧：六月十日，协助新选组行动的会津藩士柴司误伤了一名土佐藩士麻田时太郎，麻田重伤后被认定违背武士道而切腹。为了挽救会津藩与土佐藩的关系，最终柴司也切腹殉难。是为“明保野亭事件”。不过总之，会津藩及新选组震慑了在京活动的尊攘派浪人，使京都暂时重归平静，1864年下半年的京都暗杀事件骤然减少。然而这一系列行动却也极大的刺激了长州藩。
（二）禁门之变
去年的八月十八日政变后，朝廷取消了长州藩护卫皇宫的资格，并从京都驱赶出去，颜面扫地。上书伸冤不成，又谋纵火、移驾，不想还没设计好方案，就在池田屋中被新选组提前瓦解了。这一次气急败坏的长州藩士的举措更加激进，高喊着为死去的同仁报仇，意图举兵攻打京都。
仅仅一个半月后的元治元年七月十九日（1864年8月20日）。由益田亲施、真木和泉、福原越后等人领兵攻打京都，是为“禁门之变”。
前一日夜与长州藩勾结的有栖川宫帜仁、炽仁两位亲王、中山忠能等人紧急进宫，呼吁迎接长州势力入京并驱逐松平容保；久坂玄瑞原本打算带队撤离京都等待机会，却被来岛又兵卫、真木保臣等激进派的进兵论所压制，不得已也参与举兵。真木保臣本为久留米藩神官，官列从五位下和泉守，故又称真木和泉，如今却在尊王攘夷论的感召之下加入长州藩的行列，像这样的事并非孤例，有许多志士自发参与了长州的“义举”，可见尊攘潮流已经非同一般；而幕府这一边，禁里御守卫总督一桥庆喜听闻长州藩大部队约3000人抵进，为避免战端，亲赴前线劝长州藩兵撤离。但后来又接到孝明天皇清除长州的旨意，遂作为大将开始指挥布防。会津、桑名、萨摩、大垣等藩的士兵守在宫门和各处要地，新选组也守备在稻荷关门。若在京都爆发战事，将是自1615年大坂夏之阵以来的第一次大名间的战争，是太平盛世动摇的征兆。
尽管幕府方尽量避免军事冲突，屡次劝说长州退兵和平解决事端。但在七月十九日凌晨，战争还是爆发了。在御所西边的京都蛤御门附近，长州藩兵向会津、桑名藩阵地发起了战斗。福原队与国司信浓、来岛队一度突破筑前藩守卫的中立卖门侵入京都御所内，但守卫乾门的萨摩藩援军赶到后形势逆转，长州军败退。受狙击负伤的来岛又兵卫自杀了。真木、久坂部队参战较晚，到达时来岛已经战死，并得知了战线溃败的消息。尽管如此，他们还是硬着头皮进攻了御所南面的堺町御门。但是未能打败守卫的越前藩兵，不久会津藩和新选组的援兵赶到，长州军溃败。见大势已去，久坂玄瑞、寺岛忠三郎等人躲入在鹰司邸，在向藩士入江九一托付遗命后自杀。然而入江在翻墙逃出鹰司府邸时被越前藩士逮个现行，被长矛刺中面部而死。藏匿在日野大纳言宅邸的长州藩兵被新选组发现，永仓新八、原田左之助、井上源三郎率队与之奋战，约一小时后长州藩兵逃出。
战斗胜负已定时，逃亡的长州藩兵边放火边逃跑。战斗虽然只持续了一天，但燃起的大火一直持续三日，到二十一日早晨，北起一条通，南至七条的东本愿寺，大范围的街区和神社都被烧毁，京都市中约有3万户房屋因战火付之一炬。
幸存下来的长州藩兵逃出京都，福原、国司队向大阪和播磨方面撤退。在天王山做预备队的益田队听到战败的消息后也撤退，返回长州；而主战派的真木保臣与残兵败将则一起藏匿到京都附近的天王山，与宫部春藏等17人以山上的小屋为据点，负隅顽抗。二十日大和郡山藩前去劝降，但被拒绝了。于是在二十一日这天，由会津藩兵和新选组担任主攻，会津藩神保内藏助率兵一百，近藤勇领队士五十人阵，从山下向上进攻，双方以铁炮对射。最终长州残兵或战死，或在屋中纵火、自刃而死，真木也吟诗一首后自我了断。战事结束了。
后来，新选组队士和会津藩兵搜查了长州固守的屋中，找出了真木保臣的尸体，还在附近的树林里找到了3000俵的米和3000两的黄金。米被分给了附近的农民和神社，金子归由会津藩保管。不久后确认了长州军已远离京都，幕府和各藩军队打道回府。新选组也返回了壬生村的屯所，养精蓄锐，还得到了朝廷、幕府、会津藩的赏金。而长州藩就没好日子过了，很快就被孝明天皇下达了“朝敌追讨令”，成为举国之敌；幕府也准备惩戒长州，很快就组织了“第一次长州征讨”。当然这些对于本文来说都是背景故事，我们再把视线移回新选组。
通过元治元年的池田屋事件、禁门之变，新选组可谓立下赫赫战功，闯出威名。使尊攘派浪士闻之咬牙切齿，见之胆战心惊。名声大噪后，新选组的名誉与义务并存，需要执行更多的任务，由此趁着人气高涨在元治元年九月开始了进行了新一轮的队士招募。这时一部分队员留在京都继续执勤，而土方岁三、斋藤一、藤堂平助等人前往江户试着去招募更多志士。
十月二十七日，在同门的藤堂平助的斡旋下北辰一刀流剑客伊东大藏加入新选组，随土方等人一同前往京都。因上洛时为甲子之年故被称为伊东甲子太郎。不久，其弟铃木三树三郎、同仁筱原泰之进、加纳鹫雄、服部武雄，弟子内海二郎、中西升等一众人也一起上京，追随伊东加入新选组。由于伊东能文善武、容貌端丽、口齿伶俐，又声望颇高，遂担任了新选组的参谋兼文学师范。
除伊东等人外，还有大石锹次郎、中岛登、近藤芳助、久米部正亲等人加入新选组。新选组的队伍扩大了，增至约200名的鼎盛规模。同时为了安顿更多的队士，一段时间后屯所从壬生村搬到了西本愿寺；为了响应幕府的长州征讨，新选组改组为更适应战场指挥的小队制，并制定了《军中法度》，包括十条内容：
一、严守役所，不得乱法，进退应听从组头命令。
一、严禁私下讨论敌我强弱。
一、禁止享用美食。
一、不论昼夜急变，皆不可骚动喧哗。需身心镇定等候命令。
一、禁止在军中因私人恩怨争吵。
一、出阵前吃足兵粮，系紧盔甲，注意检查枪和太刀的目钉。
一、敌人之间的利害得失，一旦发现应立即上报，即使有误也不追究过失。
一、组头战死时，其组众也应当场战死。若有逃出虎口以求生者，依其平日品行定罪当处斩或轻罚，故应做好觉悟，不得有贪生怕死之心。
一、应战遇险时不得回收组头以外的战死者尸体，不可临阵退缩，应尽忠义。
一、合战胜利后禁止乱取战利品，如有御法命令掠夺，应像公式一样执行御法。
十条法度严格规范了队士作战时的行为，并要求在战场上舍生忘死的战斗，俨然将原本负责治安的新选组打造成了一支特别部队，向世人展露出锐利的獠牙。
然而长州在讨伐军的压力下不战而降，接受了幕府的要求。新选组最终没有出动，未能获得前往战场历练的机会。
作者：德川家禛。但是，在新选组的发展呈现出一派繁荣景象的同时也在暗中潜藏着危险。首先是作为伊东一派的核心人物伊东甲子太郎和新选组在攘夷的观点上达成了一致。但新选组的立场是佐幕，而伊东深受水户学尊王思想的影响，事实上想要执行尊王倒幕的方针，于是双方的矛盾已经悄悄埋下。新选组又会形成芹泽尚在时期的两派对立局面吗？另一方面，新招募的队伍中也有缺乏志向庸庸碌碌的人、加入队伍只为混份工作的人，以及只是想通过做幕府的鹰犬登上高位的人，鱼龙混杂。近藤宣读了新选组的规定，让这些应征者一起宣誓，就算是集合在一起了。
风起云涌：新选组重组
（一）切腹判决
1865年（元治二年）全日本发生了不少大事。
年初的时候，长州藩的内部对抗发展到了武装斗争的阶段。禁门之变和第一次长州征讨战争后，长州藩士椋梨藤太等人接管了藩政，接受朝廷与幕府的处罚并表示恭顺，被蔑称为“俗论党”。在野的自称“正义派”的一群藩士反对向幕府恭顺，在高杉晋作等人的领导下招募农兵组织诸队，对掌权的“俗论党”藩政府发难。不久后藩政府失败，以尊王攘夷为口号要求讨幕的“正义派”掌控了藩政，长州藩开始重整军备，剑指幕府。
幕府方察觉了长州藩的动静，认为其“更无悔改之意”，“有不逞之图谋”，遂准备发动第二次长州征讨，开始整备军队。到了下半年的时候在大阪布阵，并命令诸藩也参与到对长州藩的讨伐中来。战争气氛日渐浓烈，而诸藩普遍感到疲惫，不愿出兵。就连幕府军的官兵也士气低落，不抱有乐观情绪。
前一年还站在幕府一遍参与了对长州作战的萨摩藩，此时也悄悄的与长州密谈，最终不仅拒绝了幕府的出兵命令，还暗地里向长州藩走私来自外国的先进武器装备，增强长州藩的实力。
悬而未决的开港问题引发了列强舰队闯入摄海的事件，列强武力进逼幕府确定开港日期，幕府想要开港通商，怎奈朝廷就是不同意，拒不下达敕命。朝廷指责幕府“攘夷不利”，未能实现“拒绝开国通商，重归锁国”的夙愿，甚至竟要求幕府老中阿部正外、松前崇广切腹谢罪，可谓前所未闻。幕朝关系又一次变得紧张起来，幕府只得派遣一桥庆喜前去做朝廷的思想工作。
很显然，幕府正在变得孤立，朝廷、雄藩、列强都把矛头指向了幕府。统治的根基严重动摇了。
对于新选组来说也是个不顺利的一年。先有元治二年一月初八在大阪阻击土佐藩勤王党浪士不利，虽然最终阻止了激进浪人放火、夺取大阪的计划，但过程大费周折。紧接着又发生了意想不到的大事：新选组总长逃跑了！
元治二年二月，山南敬助留下一封“去江户”的信，就悄悄离开了屯所。山南敬助本为新选组的高级干部，待遇不差。况且按照新选组的规定，擅自脱队者死。为何要突然逃离呢？十分令人费解。这就不得不分析新选组的一些内部矛盾了。
山南逃跑的原因有很多。首先是近藤勇从最初试卫馆时期的敬仰名门出身的山南，到上洛后的逐渐冷淡。在信仰上，山南坚持尊王和攘夷的思想，协助幕府只是途径；而近藤则比起阔谈理论更偏向于辅佐幕府，因而二人也有分歧。芹泽鸭被肃清后，近藤更是依赖土方岁三，自然令山南感到不快。尤其是出身乡下的土方与博学多才的山南互相看不对眼，两人时有暗中摩擦，但山南性情温和，素来不喜争斗。而在文久三年的岩城升屋事件中，为搭救被不逞浪士抢劫的吴服商，新选组众人在大阪高丽桥的岩城升屋与浪士作战。激战中的山南负伤，连爱刀也折断了。然而此后土方却以安心养伤为名，逐渐排挤了山南，揽走了他的权力。对于权力的斗争以土方的胜利而基本告终。
对于近藤而言，失去权力的山南也基本上只有作为参谋的价值了。然而自从伊东甲子太郎的入队并担任参谋兼文学师范，新选组内有了替代品，山南的地位更是岌岌可危。
其次是山南本为坚定的尊王派，当初加入新选组也是为了“勤王”和“攘夷”这两项事业。如今新选组在近藤的带领下越来越倾向于佐幕，支持幕府的政策，就与他心中的志向有了偏差。同时也就与新选组的其他干部渐行渐远。这期间，山南敬助又增多了对伊东的接触，认为伊东的勤王志向与他接近，又是同出身于北辰一刀流剑术，藤堂平助的情况类似，于是三人关系逐渐密切，常聚在一起讨论勤王事业。而这一切都更加剧了局长近藤勇的不信任，山南愈受排挤。
根据西本愿寺侍臣西村兼文的说法，新选组向寺院转移屯所更进一步刺激了山南敬助。转移驻地不仅仅是因为队士人数增加，需要转移到宽敞的地方，而且是因为西本愿寺的勤王色彩浓重，曾经藏匿过长州在逃藩士，而且和长州藩毛利家的关系也很近。因此近藤特意将屯所搬迁到西本愿寺，以便监控住这里。虽然勤王志向的山南表示强烈反对，并称不能以此为借口霸占寺院重地，况且寺院的僧人也明确表示了反对。但是近藤和土方完全不理睬，之后山南便定下了与新选组诀别的信念。
最终，山南敬助在大概元治二年二月二十一日的时候离开。
山南不见踪影、留下的告别信被人发现后，土方岁三立即派人追捕。而他只派遣了冲田总司一人。据说只派遣冲田是土方知道山南与冲田的关系良好，如果山南像弟弟一样疼爱冲田的话，就不会抵抗。果然，冲田在出发后不久，就在近江国大津宿找到了山南。他没有反抗，跟着冲田坦然回到了新选组屯所。
山南敬助离开屯所也不过一天，而且还是自愿回来的。大家本以为土方岁三会宽恕他，不想却听到了“切腹”的命令。自试卫馆以来就有交情的永仓还曾私下进入关押山南的房间，劝说他再次逃走，山南摇摇头，拒绝了。很快近藤、土方、冲田、斋藤等干部来到山南面前，根据《局中法度》宣布了“擅自脱队，判决切腹”的命令。山南谢命，神情自若。随后向众人一一道别，并提议由冲田总司作为介错人。
元治二年二月二十三，新选组总长山南敬助切腹。
山南在腹部切下一刀，冲田含泪介错。后来近藤亦称赞“即便是浅野内匠头，也不会像这样完美地结束”。伊东也吟诵和歌以示悼念。后来他葬在了在京都壬生屯所附近的光缘寺。
作为新选组试卫馆派出身的老干部山南总长，他所受的严厉处分在队中引起了一阵波澜，由于有人感到惋惜，有人感到害怕。对于尊攘论的伊东一派，也是一次敲山震虎。
山南死后，新选组还是将屯所搬到了西本愿寺。
由于此前提到了日本政局的逐渐恶化，决心佐幕的新选组再度开始整备武力，加强对京坂地区治安的维护，并积极响应长州征讨。这时不仅再度开始了队士的招募，广泛接纳来自各地佐幕志士的投名状，还装备了更先进的武器，在西本愿寺内开始了动静巨大的大炮、铁炮训练，往日宁静的寺院被震个地动山摇，后来由于住持实在受不了，新选组便又将射击训练场搬回了以前的屯所址壬生村。1865下半年（庆应元年），新选组设立了击剑、枪术、柔术、炮术、马术、文学各师范，加强对队士的全方位教导。
（二）集中体检
1865年6月担任将军御医的幕府奥医师松本良顺因公务原因来到京都，作为老相识的近藤勇听闻便登门拜访。叙旧之余邀请松本参观屯所，松本也打算顺便对新选组全体队士进行一次体检。
松本良顺自幼从事医学，不仅了解和医，还前往长崎学习了“兰医”，也就是西方的医学。有这样精通医学的名医造访新选组是很难得的事，土方闻之也非常高兴，热情的接待了这位大人物。
一阵寒暄过后，屯所内开始了热火朝天的集中体检。新选组的队士们平时要练习武术、抓捕浪人，普遍身负跌打损伤；消遣的方式多为前往岛原花街放松，因而患梅毒者也比较常见；以及当时缺乏防疫意识，患伤风肺痨的也有几名。“肺痨”即肺结核，由结核分枝杆菌引起，该菌在1882年才由德国医生发现，所以在此之前更不要提对症治疗了。21世纪的今天世界史每年仍有1000万人感染，其中约有100万以上的人死于肺结核，可见其可怕。在幕末时代，肺痨就是绝症，当医生公布确诊时，几乎等于宣判了死刑。
检查的结果令松本直摇头。不过出于医生的责任心，他为队士们开了药方，交代队士们好生休养，接受名医治疗的队士们都感到很高兴。他还看到厨房里溢出的剩饭，建议用于养猪、鸟再利用，从医学的角度对屯所内的生活方面进行指导，提高卫生意识，干部们也十分感谢松本。众人其乐融融。
但愉快的日子并没有多久：在这一年的（10月20日）慶応元年九月一日，新选组原四番队队长松原忠司死去。这也是令干部们感到头疼、对新选组全队风评不好的一件事。
松原忠司本为播磨国小野藩之子，会剑术，善柔术，文久三年五月加入了壬生浪士组。后来在池田屋事件随土方队有功，还领到了金钱奖赏，并因此在第二年的新选组组织再编时，于四月担任了四番队队长兼柔术师范。然而据说，松原就职不久后，在外因一时冲动先杀了一名武士，而后又勾搭了武士的遗孀。土方发现后，将松原问责免职。不久后，情绪失落的松原和那名女子一同自杀殉死。
后来松原忠司葬在了壬生村光缘寺。为了掩人耳目，称其死因为“病死”。
不顺利的一年就这样过去了。时间很快来到庆应二年（旧历庆应二年正月初一是公历1866年2月15日）。
风暴前夜：新选组内乱
（一）三条制札事件
1866年在幕末史上是十分不同寻常的一年。1866年1月30日，江户浅草三轩町一带起火，大火烧毁雷门，这似乎是一个恶兆，也是历史上雷门经历的最后一次火灾，；3月7日，萨长两藩秘密缔结了政治和军事上盟约，标志着萨摩藩完全倒向了讨幕，打下了倒幕派联盟的基础；3月9日的寺田屋事件中，伏见奉行的林肥后守忠交抓捕坂本龙马失手，不仅让密会的坂本和三吉慎藏双双逃走，还使幕府方近似于“暗杀”的抓捕行为引起不良的社会反响。7月18日第二次长州征讨战争爆发，幕府号令诸藩讨伐长州，然而已经缔结密约的萨摩藩拒不从命，其他藩国也多感疲惫和不满；8月29日，幕府联军战况逐渐恶化的同时，十四代幕府将军德川家茂因脚气病而死。导致将军空位，幕阁混乱。10月8日，德川庆喜策动朝廷颁布了幕长之间的停战敕命，虽然使幕府军顺利撤兵避免了进一步的损耗，却也使占据上风的长州藩霸占了攻打下来的诸多要地、威望大涨。而幕府威严受损。作者：德川家禛。
一切的一切，对幕府来说都是及其糟糕的，这株年有二百多岁的大树摇摇欲倒。
为了挽救幕府，人称“水户贵公子”的一桥庆喜在目睹长州征讨失利后，成为众望所归的德川宗家继承人，也成为了幕政的主持者。他不拘一格起用新式人才，并开始了幕政维新：推动政治制度近代化、聘请法国顾问团、创立军用民用工厂、开展新式教育、打造西化军队。旧历的这一年年底，十二月五日孝明天皇代表朝廷宣布任命德川庆喜为“征夷大将军”，庆喜成为第十五代幕府将军。幕府看起来正在新将军的带领下老木回春，有复兴之势。
新选组就是在这样的形势下，坚定了佐幕的志向。在危险与机遇并存的时代，他们继续着个人的奋斗，同时也为幕府的复兴保驾护航。
这一年的3月28日（庆应二年二月十二日）新选组内又发生了肃清事件。出身富商家庭，担任新选组勘定方处理会计事务的河合耆三郎，因账目对不上而以“贪污”为名切腹。据说河合曾向土方请求宽限日期，向家里借钱补上账目资金，但碰巧老家发生了骚乱，所以寄钱的时间推迟了，结果资金在河合切腹之后才送到。至于他切腹的真实原因，有说法认为他确实贪污了钱款、有说法认为是他想发动叛乱被识破、还有异说是近藤勇挪用了资金为艺伎赎身，但具体原因已经很难以说清了。
紧接着，在5月15日（庆应二年四月一日）又发生了七番队长兼枪术师范谷三十郎死亡事件。他曾在池田屋事件中出过力，参与阻止了土佐浪人火烧大阪的事件，还从大阪商人加贺屋四郎兵卫那借来31500的巨款。四月一日那天他被人发现死在了京都东山的祇园社的石阶下，有过度饮酒之死一说，也有由斋藤一暗杀的说法，详细情况不明。
这以上两起事件发生后，在当时就流传开新选组内部权力斗争而导致谋杀的传闻。这些说法是否属实很难判断，但可以肯定的是：新选组内部出现了问题，表现出人心惶惶不安的迹象。
自禁门之变后，京都三条大桥西侧的高札场挂上了宣布长州藩为朝敌的制札（布告牌）。由于幕府的权威在征长失利后更加低落，使一批激进的尊攘派浪士再次在京都活跃了起来，他们为表示和幕府作对的行动之一就是拔掉制札，所以到了这1866年下半年拔制札的行为频繁了起来，令幕府十分困扰。接到上面命令的新选组加强了戒备，准备逮捕犯人。
1866年10月20日（庆应二年九月十二日）晚上，原田左之助等12人埋伏在三条会所里，新井忠雄等12人隐藏在酒屋里，大石锹次郎等10人则隐匿在桥对面的町屋里，浅野薰等2人化装成乞丐待在桥畔，埋伏了数日就等待着犯人的出现。这天深夜时果然有行踪可疑的人出现，原田队随即开始了战斗，新选组斩杀了一人，抓获了一人。但由于负责通知在桥对面的大石队的浅野薰，因为害怕从桥上的乱战中钻过去而绕道导致通报延迟，没能完成当初预定的夹击。结果8名犯人中有6人逃跑。后来经对被抓获的犯人审讯，得知他们是土佐藩士。随后此事上报给了会津藩。
土佐藩说来也有趣，一部分藩士跟从大名等上层武士走公武合体，也就是佐幕的道路；另一部分藩士则追随社会上的尊王攘夷的思潮，和萨长搅合在了一起。前有明保野亭的不愉快事件，因而在此事上会津藩处理时也觉得十分尴尬，而土佐藩上层也不想与幕府起冲突，于是会津藩与土佐藩便举行了酒宴，就当此事已经解决。奋战的原田等队士则得到了会津藩的赏金，而浅野薰则因怯懦被逐出了新选组。浅野此罪本该切腹，可谓万幸捡回一条命。然而次年却又栽到了新选组手里。据说是因为在京都冒名筹款而被盯上，最终而被冲田总司斩杀。
说到总司，就不得不提一件不幸的事：据说就是在这一年里（也有异说是1865、1867年，本文认为是1866年）幕府医生松本诊断出了冲田总司患“肺痨”，也就是肺结核，感染后会咳嗽、发热、乏力、食欲下降，这些都符合他的症状，他的生命已经开始了倒计时。
到了九月底，出身松江藩的甲州流军学家、新选组五番队长武田观柳斋由于已经暗中倒向了尊攘派，萌生了脱队的想法，但他并不知道自己的行踪已经暴露。此前武田试图接近伊东一派不成，这时则以接近萨摩藩刺探情报为名向近藤申请了离开屯所，并得到了批准。很难说当时近藤为什么痛快的许可了离队请求，但武田的故事还没有结束。
（二）御陵卫士脱队
1867年1月30日（庆应二年十二月二十五日），孝明天皇驾崩，他的死因有许多说法，但可以肯定的是，作为公武合体派的核心人物，他的死无疑是继德川家茂病逝后对于公武合体派又一个巨大的打击。此前仅仅二十天前的1867年1月10日（庆应二年年十二月五日）他才刚刚任命一桥家、德川宗家当主德川庆喜为征夷大将军；京都守护职、会津藩主松平容保也是他十分信任，曾经赐予过御衣、宸翰和御制的人。现在力促公武合体、反对倒幕的孝明天皇一死，幕府派马上失势；而萨长等尊王攘夷派则趁虚而入，试图把持朝政，助长了全国范围的倒幕论的气焰。
时代的一粒灰，落到个人头上就是一座山。幕末政局的剧变，具体到新选组身上，就是加速了内部的分裂。在尊王攘夷热潮的感召之下，1867年4月14日（庆应三年三月十日）伊东甲子太郎、筱原泰之进、藤堂平助等原本就倾向于尊攘论的13人以守护孝明天皇之陵为名、侦查萨摩藩动向脱队，组成了“御陵卫士”，展开了以建立朝廷为中心政体为目标的独立政治活动，与新选组分道扬镳。近藤等人自然不快，但伊东的理由充分，不好加以阻拦。冲田总司也想要做些什么，可是从今年开始他的肺病愈加厉害，以至于感到力不从心了。而且新选组干部们还担心将伊东一党留在队内会以尊王论污染其他队士，于是同意了“另建队伍”的请求。斋藤一也加入了其中，不过他是为新选组做间谍而潜伏进去的。当时伊东主动向近藤提议，称世道混乱有剑术高手随同才能放心，想带走永仓或斋藤中的一人，近藤便让斋藤同行了。不知伊东是因此二人之前因故被近藤严厉处分过，想要借机策反他们，还是只是想要打消近藤的疑虑。但总之，他没有对同行的斋藤太过提防，相信自己能够说服斋藤成为同伙，亦或者同行那么多人，还怕区区一个斋藤一不成？伊东抱着这样的心态，反倒给了斋藤潜伏队伍中搞情报工作的便利。
六月时，御陵卫士已经在东山高台寺的月真院里驻扎了屯所，故又称“高台寺党”；而由于西本愿寺的僧人难以忍受新选组在寺院里的枪炮训练、切腹斩首，于是斥巨资买下了西本愿寺南面不动堂村的一块地并建成屯所供队士们使用，故新选组在本月中旬也转移了阵地，驻扎不动堂村。
御陵卫士此时在编制上隶属幕府的山陵奉行户田忠至，但私下逐渐接触了萨摩藩，因此在路线上彻底倒向了倒幕；而新选组则被提拔为幕臣，近藤勇获得可以觐见将军的“旗本”身份、土方岁三获得次一等的“肝煎”身份，其他人的身份也得到了幕府的晋升，并增加了全组的俸禄。对于庶民出身的近藤、土方来说这是至高的荣誉，他们喜出望外，受到重用的新选组也更坚定了佐幕的志向。不过茨木司、佐野七五三之助、中村五郎、富川十郎4名尊攘派曾要求加入伊东，未能获得组内批准。此时又不满于成为幕臣，向会津藩申请脱队无果，最终在会津藩邸内切腹。从这时起，新选组内部的尊攘派便基本绝迹了。
可以看到，新选组与御陵卫士的对立愈加明显，这种对立表现在御陵卫士的身上，就是睡觉也要抱着刀，生怕新选组随时杀来。当然他们也没有“束手待毙”，暗中与萨长增加了交流，还策划阴谋。不过在新选组解决御陵卫士的问题前，碍眼的武田观柳斋先来横插一杠。
距离新选组搬到新屯所正好一周时，新选组刺杀了武田。刺杀武田的队士是谁至今众说纷纭，但武田的恶行是十分确凿的：加入新选组以来他阿谀谄媚、唯利是图、两面三刀的性格就受到不少队士的厌恶，而自去年声称为新选组做萨摩的密探而脱队后，武田又更加肆无忌惮的接触萨长，大肆鼓吹尊王论，密谋倒幕。他可能以为自己的“间谍”身份掩护的很好，新选组都没能察觉，实际上只是近藤等干部没把爱说大话的他当成真正的威胁，仅当做夏日夜晚的蚊蝇罢了。况且一时变动太多，暂时没有精力管他，账却是记得清清楚楚的。等到手中活忙完、武田的账记的够多了，便在京都郊外的鸭川钱取桥结果了他的性命。武田一死，待京都局势稍安定一些时，新选组便能将注意力放到处理伊东等人的问题上来了：御陵卫士的伊东、藤堂、铃木等人联名向朝廷和幕府提交了要求对长州给予宽大处分的建议书，着实令组内不快，急需断绝后患。
不过这之后的京都局势并不稳定，或者说全日本的政局都不稳定：1867年11月9日（庆应十月十四日），德川庆喜宣布了大政奉还，将政权返还给朝廷，一方面是为了消除倒幕派的举兵借口，一方面也为召集诸大名组成议会的雏形，为成立新政府准备政治基础，但没有得到佐幕派大名们的一致认同，会议没有顺利召开，未取得预期重新统治日本的效果；幕府不复存在了，使许多佐幕志士失去了方向，新选组也一度陷入了迷茫。可不久之后，世人便发现了大政奉还的奥妙之处——朝廷并没有执政的经验，于是只好继续委任大权于德川家，也就是说，幕府之名消失了而实权仍在。反倒是萨长失去了“倒幕”的借口，处境尴尬——幕府都不存在了，你们还想举兵捣什么乱？不过政坛上的尊攘派暂时消停了，可在野的不逞浪士依旧猖獗，就体现在了京都的治安问题上：打劫平民的、暗地宣扬倒幕论的、从事暗杀活动的层出不穷。
在这样的背景下，近藤与干部们商议妥善处理京都治安问题的对策时，御陵卫士则准备刺杀近藤勇，不仅会让新选组群龙无首，甚至想要借机笼络新选组剩下的队士。而伊东的许多动向，都由斋藤一秘密汇报给了新选组。御陵卫士的行动与计划使干部们大怒，杀心渐起。作者：德川家禛。
不过，在就要解决伊东问题前三日，新选组又卷入了另一个传闻之中：那就是1867年12月10日（庆应三年十一月十五日）的近江屋坂本龙马刺杀事件。那天晚上，几名刺客闯入坂本龙马在京都的居住地近江屋，将坂本龙马、中冈慎太郎、山田藤吉三人砍倒。坂本当场毙命、山田次日死去、中冈两日后也重伤而死。在当时最广为流传的说法是新选组十番队长原田左之助所为，理由是当时伊东前往现场看到了疑似新选组队士的刀鞘，加之遇刺受伤的中冈表示凶手口音是中国到四国一带的人，两条线索一综合正符合伊予松山藩的原田；然而在当时见回组也是怀疑的对象之一，认为是佐佐木只三郎、渡边吉太郎、高桥安次郎、桂隼之助四人刺杀了龙马，这也能对应上“四名凶手”的线索；此外，还有纪州藩士因此前土佐藩造成的“伊吕波丸事件”所致的高额赔款，而对龙马报复性刺杀的说法；而如今最具影响力的假说是萨摩藩行凶，理由是坂本龙马在德川庆喜大政奉还后一改倒幕论，不仅反对武力倒幕，甚至据说还声称要为德川庆喜效劳。这就成为了萨长的眼中钉，于是成为了西乡隆盛、大久保利通暗杀的目标，这一说法认为即使刺客不是萨摩藩直接派出的，也是密切了解坂本行踪的萨摩藩故意提供给刺客的。不过近江屋事件很难说与新选组有直接联系，那么为什么要在这里介绍它呢？因为它后面引出了寻仇的土佐藩士与新选组对战的“天满屋事件”。
（三）肃清高台寺党
话回正题，在伊东准备刺杀近藤的三天前，斋藤一盗走了御陵卫士的一部分活动资金，并乔装打扮为乞丐到新选组屯所前传达了情报，组内当即决定：先下手为强，这天正是十一月十八日。要说刺杀，毕竟还是一路干这行走来的新选组更为专业。近藤结合当日早晨伊东凑巧向他提出了“为侦查长州”而借钱300两的请求，便派人答复伊东：钱已筹好，请来酒宴。伊东欣喜，当晚便带着4名随从前往近藤妾宅赴宴。宴会上近藤热情的接待了伊东，但对于资金的事，说会津藩暂时还没送到，次日派人给他们送过去。于是伊东也没当心，喝醉之后便回去了。然而在返途中，近藤早已命新选组队士大石锹次郎等在油小路本光寺设伏。据说宫川信吉先上去砍的一刀被伊东躲过，伊东遇刺时甚至还以为是刺客认错了人，竟边后退边说着：“别开玩笑，别开玩笑”。随后大石闪出，猛的一刀砍在了他的脸上，这次伊东未能躲开，只大喊了一声“奸贼”，当场毙命。
大石等队士确认伊东死亡后返回，向近藤汇报。近藤听罢下了指示：把他的尸体就这样扔在七条的油小路，让高台寺的人来认领，利用这个机会把伊东一党一网打尽，派遣二十名队士执行任务，由永仓、原田等人带队。不久后，御陵卫士果然前来收尸，即使藤堂平助已经知道了这是陷阱。来着有藤堂平助、筱原泰之进、铃木三树三郎、服部武雄、毛内有之助、加纳道之助、富山弥兵卫7人。
当御陵卫士出现后，隐匿在附近的新选组队士立即杀出，藤堂平助第一个被讨死。据永仓所说，近藤认为藤堂还年轻有为，想尽可能地放他一条生路；永仓新八、原田左之助也不忍杀害曾经的同志，为了帮助平助逃走，甚至给他开辟了逃跑的道路。但却被不了解情况的队士三浦常三郎扑上来斩杀了，据说三浦知情后也后悔无比。
接下来是转身逃跑的毛内有之助被大卸八块，惨死街头；而服部武雄擅使双刀，背靠民宅做困兽犹斗之势，令人不寒而栗。一番激战后，他砍伤了几名队士，但最后还是被原田左之助一刀刺入腹部，光荣战死。其他人则逃之夭夭。近藤见状指示队士们收走4人的遗体，先带回屯所，后来埋葬在了壬生寺。到了庆应四年二月，有的遗骨又改葬在了泉涌寺的塔头戒光寺，这是后话。
经此打击，御陵卫士分崩离析。剩下的同伙有的逃到了萨摩藩邸，有的不知去向，便由此解散了组织。这一夜发生在油小路的御陵卫士肃清行动，被称之为“油小路事件”，是为新选组最后的同室操戈。
油小路事件的半个多月后，1868年元旦（庆应三年十二月七日），上文提到的“天满屋事件”也在油小路上的一家名为“天満屋”的旅宿内发生。此前因坂本龙马遇刺事件而受了刺激的土佐海援队、陆援队队士以之前的“伊吕波号事件”盲目判断刺客来自纪州藩，又因为倒幕派出身的他们自然对纪州德川家感到不满。多重原因综合起来，最终导致他们将目标锁定为颇有才能的纪州藩士三浦休太郎。由于具体的刺杀计划还不能确定，于是得知此信的会津藩命令新选组为三浦做护卫，近藤勇便派遣了斋藤一、大石锹次郎等7名队士前往三浦宅邸。三浦在天满屋热情设宴，邀请队士们享用美食。
正当晚宴欢愉时，与三浦同为纪州藩出身的陆奥宗光、土佐浪士泽村惣之丞等海援队士、土佐的岩村高俊、大江卓等陆援队士、龙马的挚友十津川乡士中井庄五郎及其他人，组成了约有十五六人的庞大刺客团队，悄悄地摸了过来。他们包围了天满屋，中井敲门装作登门拜访，待屋门一开，口中还说着“是三浦先生吗”的同时立即拔刀砍人，正巧砍中的就是三浦休太郎，致使他脸颊和下巴受伤，好在不是致命伤。三浦退后，屋内的新选组队士立即拔刀应战，熄灭了灯火，双方在黑暗中战斗，俨然是“复刻池田屋事件”。
战斗中斋藤一负重伤，好在梅户胜之进及时搭救，却使他也受了重伤。这场突袭使新选组方处于不利，好在近藤听闻战斗打响的消息后立即增援，纪州藩也派了兵。但援兵到达的时候陆奥等人已经脱身了。最终刺客方中井庄五郎死亡，另有2、3人受伤；新选组的宫川信吉和舟津釜太郎战死、梅户重伤、轻伤3名，纪州藩的三宅精一、关甚之助也负轻伤。另有三名无辜人员死在刺客手中。虽然死伤严重，但总之保护三浦的任务算是艰难的完成了。后来，三浦休太郎活到了1910年并在明治时代大有作为：担任大藏省官吏、元老院议员、贵族院议员、东京府知事，位列锦鸡间祗候。说明队士们的流血牺牲没有白费。
1868年就要到了。山雨欲来，大战将至，新选组将何去何从？后续内容请见本文下篇！
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